Maria Anna Josepha Antonia van Habsburg-Lotharingen (Wenen, 6 oktober 1738 – Klagenfurt, 19 november 1789), aartshertogin van Oostenrijk uit het huis Habsburg-Lotharingen, was de tweede dochter van keizer Frans I Stefan van het Heilige Roomse Rijk en keizerin Maria Theresia. Haar oudere zusje Maria Elisabeth overleed, drie jaar oud, in 1740. Vandaar dat Maria Anna van 1740 tot 1741 de beoogde troonopvolgster was tot de geboorte van haar broer, de latere keizer Jozef II. Een van haar zusters was Maria Antonia (1755-1793), later Marie-Antoinette, koningin van Frankrijk.
Maria Anna (ook wel Marianne) was intelligent maar ze had een slechte gezondheid. Ze had last van kortademigheid, een zwak immuunsysteem en ze liep mank door een fusie in de rug. Er werd voor haar geen geschikte man gevonden en daarom werd er besloten om haar abdis van de Keizerlijke en Koninklijke Kloostergemeenschap voor adellijke vrouwen in Praag te maken, met een jaarlijks inkomen van 80.000 gulden. Later trad ze af als abdis in Praag en werd ze abdis in Klagenfurt in zuidelijk Oostenrijk, met een kleiner inkomen.
Ze was in de keizerlijke Oostenrijkse familie niet geliefd (behalve haar vader vanwege haar interesse in de wetenschap). Over Maria Anna werd gezegd, dat ze tegenover ‘Mimi’, Maria Christina, de favoriet van hun moeder, maandenlang het bed had moeten houden, omdat ze zo jaloers was.
Aartshertogin Maria Anna stierf op 51-jarige leeftijd.