Embryonale stamcellen zijn stamcellen die uit een embryo gehaald worden van slechts enkele dagen oud (4-5 dagen). Deze stamcellen worden ook wel hESC genoemd; de afkorting is afkomstig van het Engelse human Embryonic Stem cells.
De bevruchte cel bestaat dan uit vier delen: namelijk inner cell mass (ICM), de cellen die het uiteindelijke kind vormen (pluripotent); het trophectoderm, cellen die zorgen voor extra-embryonale structuren; het blastocoel, een holle ruimte die gevormd wordt in de eerste dagen na de bevruchting en de zona pellucida, een passief glycoproteïne membraan.
Deze cellen zijn een groot discussiepunt, met de vraag of het ethisch verantwoord is om (rest) embryo's of geproduceerde embryo's te gebruiken voor onderzoeksdoelen. Deze stamcellen worden evenwel nog niet gebruikt voor (klinische) toepassingen.